1. Делаете полный бэкап баз (на всякий случай, мало ли, чтоб откат сделать).
2. Патчите базу файлами из папки sql\updates скачанной ревизии (теми из них, номера которых больше версии вашей базы; например, у вас база под версию 3105 - значит, применяете все файлы с большим номером при них, по порядку).
3. Делаете бэкап ключевых таблиц:
auctionhouse
character
character_action
character_aura
character_homebind
character_inventory
character_kill
character_pet
c haracter_queststatus
character_reputation
character_social
character_spell
character_spell_cooldown
character_stable
character_ticket
c haracter_tutorial
guild
guild_charter
guild_charter_sign
guild_member
guild_rank
item_instance
mail
corpse
(эти точно, если кто заметит, что каких-то не хватает - добавьте).
4. Дропаете (то есть стираете) базу mangos.
5. Ставите новую базу.
6. Трете те таблицы, которые совпадают по названиям с бэкапленными, ставите бэкапленные.

Если же вы просто хотите поставиь новый серв, без глобальной замены базы - то выполните только пункт 2.

Желаю удачи)