Прежде, чем начать:

Определите номер вашей текущей ревизии сервера MaNGOS
Определите, под какую ревизию MaNGOS у вас БД.
Я буду обьяснять на примере. Моя ревизия ядра- 4800

Моя ревизия базы данных(на просторах интернет нашел MaNGOS 4714.rar)- 4714.

Что я хочу: получить самую новую версию сервера.

Часть 1: Через Папки к Обновлению

Наш путь начинается с обращения к папке, где хранятся SQL-обновления:
Ваш путь до исходников MaNGOS/sql/updates

В этой папке мы видим множество файлов с расширением .sql и несколько папок вида 0.<число>.

Теперь нам необходимо найти первый SQL апдейт для баз

mangos
characters
realmd
Ищем sql файлы >4714(больше номера ревизии нашей БД).
И не находим. Далее ищем по папкам.
Нужный нам файл лежит в /sql/updates/0.9/ и называется

4718_mangos_uptime.sql

Применяем его к таблице Базе Данных mangos.

К БД mangos, потому что имя sql файла строится таким образом:

<РЕВИЗИЯ>_<БД>_<ТАБЛИЦА_КОТОРУЮ_ЗАТРАГИВАЕТ>.sql

Ищем следующий .sql файл. Теперь уже нам нужен номер > 4718

Это 4737_mangos_command.sql. Обратите внимание, его тоже необходимо применить на БД mangos.
Следующий апдейт - 4764_characters_auctionhouse.sql. И.. правильно! Его необходимо применить на БД characters. Браво!

Входим в цикл: {Запомнить текущий SQL файл => Найти SQL файл, начинающийся с большей цифры => применить}.

Часть 2: Берем выше
Когда БД вашего сервера станет 4842(ведь последний апдейт в папке 0.9 это 4842_mangos_quest_template.sql), настанет время выйти за пределы этой папки и перейти в следующую... Правильно! Следующую по номеру. В нашем случае это 0.10.
Но вот незадача, файлы
4846_mangos_creature_template.sql
4846_mangos_item_template.sql
4846_mangos_npc_option.sql

Имеют одинаковые номера. Однако это не должно вас смутить! Помните упомниание о том, как строятся названия sql-апдейтов в MaNGOS? Да, именно, эти обновлени затрагивают три разные таблицы. Они не пересекаются. Ставим в любом порядке и двигаемся дальше.

Входим в цикл: {Запомнить текущий SQL файл => Найти SQL файл, начинающийся с большей цифры => применить}.

Часть 3: Абсолют
Итак, вы полностью применили обновления из папок 0.9, 0.10,(вы ведь двинулись дальше?).
На текущий момент у вас должна быть ревизия 6351.
Переходим в папку 0.11. По каким-то неведомым причинам sql файлы здесь называются иначе. Но это не проблема для нас!
На ближайшие десять минут запомните(потом придется забыть), что на самом деле имя sql файла строится следующим образом:

0<РЕВИЗИЯ>_<БД>_<ТАБЛИЦА_КОТОРУЮ_ЗАТРАГИВАЕТ>.sql
И ноль это не ошибка. Применяем файлы с
06360_characters_characters.sql
по
06760_mangos_creature_template.sql

Затем применяем апдейты вида
2008_х_х_х_(База_Данных)_(Таблица).sql

Они импортируются в порятке возрастания, т.е. сначала 2008_10_18_01_characters_characters.sql, потом 2008_10_18_02_mangos_spell_proc_event.sql и так далее.
После того, как все обновления из папки 11 установлены переходим в дирректорию на уровень выше(/sql/updates).
Это главная папка с обновлениями. Импортируем сначала .sql файлы вида
2008_х_х_х_(База_Данных)_(Таблица).sql
Первый файл такого вида- 2008_12_22_01_mangos_creature_equip_template.sql

а затем
(НОМЕР_РЕВИЗИИ_ЯДРА)_(НОМЕР_ОБНОВЛЕНИЯ)_(БД)_(ТАБЛИЦА).sql
Первый файл такого вида- 6936_01_mangos_spell_chain.sql.

Вот и всё! Мы обновили БД с версии 4714 до 8104(в моём случае) без каких либо проблем.